有哪些优秀的科学网站和科研软件推荐给研究生？
我发现现有的回答基本没有我常用的软件，这可能是学科不同的问题。所以我也分享一下去自己常用的东西。选择的软件或网站主要基于两个标准，一个是软件开源，自由而且免费。开源软件运动的精神一向和学术精神一脉相承
有哪些优秀的科学网站和科研软件推荐给研究生？我发现现有的回答基本没有我常用的软件，这可能是学科不同的问题。所以我也分享一下去自己常用的东西。选择的软件或网站主要基于两个标准，一个是软件开源，自由而且免费。开源软件运动的精神一向和学术精神一脉相承。免费对于学生或者节省科研经费来说也很重要。即使是使用盗版有时候也不见得有开源的软件舒心，找比较好的破解版有时候蛮困难的。而且开源软件一般都是跨平台的，很多商用软件对于linux支持都不是很好，下盗版也要在windows上面用。另一个是软件主要用于理工科英文论文写作。
#论文写作
## LyXLyX | LyX – The Document Processor
这是一个论文写作神器。对于理工科来说，很多时候必须使用LaTeX来进行论文写作。因为Word至今在科技文写作上面支持都不是很好，而且排版本身没有LaTeX好看。在英文断行的算法上面就差太多了。但是对于大部分人都会使用Word这种所见即所得的排版软件，而LaTeX作为一种标记式语言型，其学习曲线很陡。LyX就是一款基于LaTeX的所见即所得的排版软件，而且对于公式编辑极其快捷简便，支持对于LaTeX的实时转换，不用向word那样点来点去，同时也不会像纯LaTeX那样经常大括号无法匹配。熟悉Word的人可以很快上手。最后文档可以生成PDF以及LaTeX源码。下面的图可以看出LyX可以很好支持交叉引用，这点Word有一点点麻烦。
商业软件里比较类似是Scientific WorkPlace，有一些人也提到过。但是在文档书写，设置灵活度方面还是LyX更好。
## TeXStudiohttp://texstudio.org/
LyX 有一个问题是不支持对于LaTeX源码直接修改，这和其设计哲学有关系。所以有时候我们还是需要对于源码直接编辑。我导师不用LyX，直接在源码上修改。所以和其合写论文，还是需要一款LaTeX IDE的。
Stackoverflow上对于LaTeX IDE有个特别好的问题：big list - LaTeX Editors/IDEs。排名第一的是Emacs+AuCTeX。 这个我试用过，绝对是最好的，但是Emacs这东西太难掌握了，对于大部分人我还是推荐排名仅次于Emacs和Vim的TeXStudio（或者其起源版本TeXmaker）。有个老外叫这个最完全的LaTeX编辑软件。它也有一个特别好的功能就是可以从生成的PDF直接定位回LaTeX源码的位置，修改论文实在太好用了。大部分文字编辑器的功能其都用，包括最重要的命令自动补齐和代码高亮。
# 文献管理
既然写论文，文献管理也是很重要的，下面就介绍几个文献管理软件。
## JabRefhttp://jabref.sourceforge.net/
既然使用LaTeX，自然也离不开BIBTeX。但是编写BIBTeX有时候很麻烦。JabRef是我见过最好的写BIBTeX的图形操作界面。这个软件直接编写bib文档，不用再作进一步导入导出。每个项目都是一个个表格只要填表就好。JabRef可以自动按照“作者年份”的格式生成key。非常方便。而且可以和Google Scholar联网，来检索文献。这个作为开源软件和上面的LyX和TeXStudio都是无缝衔接。有一个功能可以直接把文献插入到上面两个软件的编辑界面里。
下图为编辑界面。
当然平常还是要有更好的文献管理软件，尤其在PDF大行其道的情况下，对于PDF文档的管理也很重要。
主流的三大文献管理软件EndNote， Mendeley和Zetoro里，Mendeley对于PDF支持的最好，也是其主打功能。可以在PDF里进行搜索，自动检索PDF信息来生成文献信息。还可以到处BIBTeX，非常好用。而且其也是免费的开源项目。同时其加入了社交和分享功能，所有文献信息都可以同步在其提供的云服务里，可以和合作者分享。当然要是要更大的空间需要付费，但对于普通的用户来说一般都足够了。本着移动互联网时代的精神，这个还有在线，IOS和安卓的版本，但主要偏重于社交功能，就不赘述了。
## 其他
文献管理还有一些其他的软件，但综合起来没有上面介绍的好。比如ReadCube，Qiqqa，Docear，RefME。有兴趣可以自己搜索一下，这里就不一一赘述了。
# 科学计算
不太清楚为什么很多人回答SPSS，可能是因为是做生物或者社科的。毕竟SPSS以前是Statistical Packages for Social Science。但我从来没见过做统计的用SPSS，SPSS的文档式输出结果不利于进一步数据分析。所以还是推荐一些别东西。
## RStudio RStudio
RStudio 准确来说是R语言的一个IDE。R语言在学术界和业界有广泛应用，CRAN可以确保最新的技术和学术成果可以直接应用于R语言。但R原生编辑界面要多烂有多烂。所以我们需要RStudio。
RStudio拥有几乎所有IDE应该有的功能，四栏设计可以方面的测试代码，选取库和包，预览生成的图片。
下图就是Rmd功能的一个演示，左边是源码，右边就是输出的文档结果。可以快速的给别人做一个演示，或者给上级汇报工作。
Rstudio这个公司还开发了另一个著名的绘图包ggplot2，画图的效果不比Orgin差多少，同样是一个很好的开源绘图替代品。
## Mathematica Wolfram Mathematica: Modern Technical Computing
Mathematica 是一个贵的要死的商业软件。但我还是要推荐这个。这个软件相当于Maple+R+Matlab+很多其他软件。反正下盗版也要花时间，干嘛一定要下Matlab而不是Mathematica呢？在知乎上有个问题Mathematica 到底有多厉害？ - Wolfram Mathematica。大家可以去看看其到底多强大，我就不赘述了。
我主要强调一下他的符号运算功能，Mathematica里面可以用近乎自然数学符号的方式书写程序，然后进行纯符号运算，可以解决很多复杂的推到问题，也是科研好帮手。虽然也有一些软件可以进行符号运算，但都没有Mathematica好。正版的Mathematica还可以链接Wolfram Alpha，识别自然语言的输入。
现在也有一个开源项目Sage SageMath - Open-Source Mathematical Software System在一些方面试图达到Mathematica的功能。有些地方已经相当不错，假以时日应该是一个很好地开源替代品。但我本身没有太用过，就不说了。
# 网站
# 其他
还有一些可能有帮助的东西。
#论文写作
## LyXLyX | LyX – The Document Processor
这是一个论文写作神器。对于理工科来说，很多时候必须使用LaTeX来进行论文写作。因为Word至今在科技文写作上面支持都不是很好，而且排版本身没有LaTeX好看。在英文断行的算法上面就差太多了。但是对于大部分人都会使用Word这种所见即所得的排版软件，而LaTeX作为一种标记式语言型，其学习曲线很陡。LyX就是一款基于LaTeX的所见即所得的排版软件，而且对于公式编辑极其快捷简便，支持对于LaTeX的实时转换，不用向word那样点来点去，同时也不会像纯LaTeX那样经常大括号无法匹配。熟悉Word的人可以很快上手。最后文档可以生成PDF以及LaTeX源码。下面的图可以看出LyX可以很好支持交叉引用，这点Word有一点点麻烦。
商业软件里比较类似是Scientific WorkPlace，有一些人也提到过。但是在文档书写，设置灵活度方面还是LyX更好。
## TeXStudiohttp://texstudio.org/
LyX 有一个问题是不支持对于LaTeX源码直接修改，这和其设计哲学有关系。所以有时候我们还是需要对于源码直接编辑。我导师不用LyX，直接在源码上修改。所以和其合写论文，还是需要一款LaTeX IDE的。
Stackoverflow上对于LaTeX IDE有个特别好的问题：big list - LaTeX Editors/IDEs。排名第一的是Emacs+AuCTeX。 这个我试用过，绝对是最好的，但是Emacs这东西太难掌握了，对于大部分人我还是推荐排名仅次于Emacs和Vim的TeXStudio（或者其起源版本TeXmaker）。有个老外叫这个最完全的LaTeX编辑软件。它也有一个特别好的功能就是可以从生成的PDF直接定位回LaTeX源码的位置，修改论文实在太好用了。大部分文字编辑器的功能其都用，包括最重要的命令自动补齐和代码高亮。
# 文献管理
既然写论文，文献管理也是很重要的，下面就介绍几个文献管理软件。
## JabRefhttp://jabref.sourceforge.net/
既然使用LaTeX，自然也离不开BIBTeX。但是编写BIBTeX有时候很麻烦。JabRef是我见过最好的写BIBTeX的图形操作界面。这个软件直接编写bib文档，不用再作进一步导入导出。每个项目都是一个个表格只要填表就好。JabRef可以自动按照“作者年份”的格式生成key。非常方便。而且可以和Google Scholar联网，来检索文献。这个作为开源软件和上面的LyX和TeXStudio都是无缝衔接。有一个功能可以直接把文献插入到上面两个软件的编辑界面里。
下图为编辑界面。
当然平常还是要有更好的文献管理软件，尤其在PDF大行其道的情况下，对于PDF文档的管理也很重要。
主流的三大文献管理软件EndNote， Mendeley和Zetoro里，Mendeley对于PDF支持的最好，也是其主打功能。可以在PDF里进行搜索，自动检索PDF信息来生成文献信息。还可以到处BIBTeX，非常好用。而且其也是免费的开源项目。同时其加入了社交和分享功能，所有文献信息都可以同步在其提供的云服务里，可以和合作者分享。当然要是要更大的空间需要付费，但对于普通的用户来说一般都足够了。本着移动互联网时代的精神，这个还有在线，IOS和安卓的版本，但主要偏重于社交功能，就不赘述了。
## 其他
文献管理还有一些其他的软件，但综合起来没有上面介绍的好。比如ReadCube，Qiqqa，Docear，RefME。有兴趣可以自己搜索一下，这里就不一一赘述了。
# 科学计算
不太清楚为什么很多人回答SPSS，可能是因为是做生物或者社科的。毕竟SPSS以前是Statistical Packages for Social Science。但我从来没见过做统计的用SPSS，SPSS的文档式输出结果不利于进一步数据分析。所以还是推荐一些别东西。
## RStudio RStudio
RStudio 准确来说是R语言的一个IDE。R语言在学术界和业界有广泛应用，CRAN可以确保最新的技术和学术成果可以直接应用于R语言。但R原生编辑界面要多烂有多烂。所以我们需要RStudio。
RStudio拥有几乎所有IDE应该有的功能，四栏设计可以方面的测试代码，选取库和包，预览生成的图片。
下图就是Rmd功能的一个演示，左边是源码，右边就是输出的文档结果。可以快速的给别人做一个演示，或者给上级汇报工作。
Rstudio这个公司还开发了另一个著名的绘图包ggplot2，画图的效果不比Orgin差多少，同样是一个很好的开源绘图替代品。
## Mathematica Wolfram Mathematica: Modern Technical Computing
Mathematica 是一个贵的要死的商业软件。但我还是要推荐这个。这个软件相当于Maple+R+Matlab+很多其他软件。反正下盗版也要花时间，干嘛一定要下Matlab而不是Mathematica呢？在知乎上有个问题Mathematica 到底有多厉害？ - Wolfram Mathematica。大家可以去看看其到底多强大，我就不赘述了。
我主要强调一下他的符号运算功能，Mathematica里面可以用近乎自然数学符号的方式书写程序，然后进行纯符号运算，可以解决很多复杂的推到问题，也是科研好帮手。虽然也有一些软件可以进行符号运算，但都没有Mathematica好。正版的Mathematica还可以链接Wolfram Alpha，识别自然语言的输入。
现在也有一个开源项目Sage SageMath - Open-Source Mathematical Software System在一些方面试图达到Mathematica的功能。有些地方已经相当不错，假以时日应该是一个很好地开源替代品。但我本身没有太用过，就不说了。
# 网站
- Just The Word 一个可以告诉你正确英文词语组合的网站，不过服务器有些不太稳定。
- Linggle 10^12- Language Reference Search Engines 和上面功能类似，但更稳定，更易用。
- ShareLaTeX, the Online LaTeX Editor 在线写作LaTeX平台，如果不愿意自己安装，这是个非常好的东西，还有很多模板。不过不太安全罢了。
- Electronic library. Download books free. Finding books 这个和挂掉的bookfi，以及libgen实际上都是一个东西的不同壳。
- JSTOR 网络文献收集的网站，有一些下载需要付费，但是浏览不需要。我几乎大部分论文都这里找的。
# 其他
还有一些可能有帮助的东西。
- Libib.com - Library management web app 可以用来管理书，电影以及其他多媒体。有点类似豆瓣。
- Trello 一个类似于白板的生产力工具。可以用来时间管理，或者研究项目管理。支持多人合作。用来写下来灵感挺好。
- The Julia Language 一个非常新的科学计算语言，主要优点在于实时编译，极大地加快了程序效率。速度一向是Matlab,R 乃至Mathematica的硬伤。
- GitHub · Where software is built 程序员显然都知道这个，世界最大同性社交网站。有人用Git来对论文进行版本管理，但我感觉有点杀鸡用牛刀。
- Notebook 免费之后我觉得相当有竞争力。配合Surface非常强大，但我买不起Surface也就这样了。
- Welcome to Steam， Origin: Powered by EA （大雾）
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